De Death Egg van Dr. Eggman (alias Dr. Robotnik) werd weer opgeblazen door Sonic. Het landde op de top van een vulkaan op de Floating Island.

Dr. Eggman is nog steeds op vrije voeten en Sonic kan hem niet toelaten om de Master Emerald te pakken te krijgen en de Death Egg te repareren. Sonic moet ook Knuckles van zich af zien te schudden maar Knuckles heeft ook problemen. Knuckles is de bewaker van de Floating Island en alle Emeralds, dus moet hij zijn taak ook doen om het eiland veilig te houden. Maar als zij elkaar bezig houden, wie gaat er dan Dr. Eggman tegenhouden?