Eliot Ness, voormalig leider van de legendarische Untouchables, wilde eigenlijk de rest van zijn leven in zijn restaurant werken en niet te veel aandacht besteden aan de corrupte beerput waarin zijn stad, Santa Esperanza, terecht was gekomen.

Maar dingen gaan zelden zoals gepland.

Als er plotseling kinderen beginnen te verdwijnen en de politie gewoon de andere kant op kijkt, besluit Eliot het recht in eigen handen te nemen, de dader op te sporen en met elk mogelijk middel voor het gerecht te brengen; zelfs als hij daarvoor zijn droom van een vredig leventje moet opgeven en betrokken raakt bij schietpartijen tegen het gebruikelijke gespuis.

Spelers worden geholpen door verschillende personages uit onverwachte hoeken en moeten Eliot door morbide en ontaarde scenario's leiden, op zoek naar aanwijzingen om de zaak op te lossen in de vijf nieuwe hoofdstukken van Blues and Bullets.